jQuery est un framework JavaScript, c'est à dire une structure logicielle.
En JavaScript, gérer des évènements ne se faisait pas du tout de la même manière d'un navigateur à l'autre.
jQuery uniformise encore le tout !
Pour une question de performance c'est mieux de le placer en fin de code HTML juste au dessus de la balise de fermeture </body>. Cela permet à ce que le DOM soit totallement chargé puis ensuite le code JavaScript ou jQuery.
Sinon le plus conseillé est de placer le code dans un fichier externe ayant l'extension .js